Проверил с версией 3,3 результат тот же!
Первый раз прошивается а потом изменённая сигнатура.
Как заливка флеша может изменить сигнатуру МК?
Может в хексе что не то?

Пользовался программой версии 2,0 с вышеописанными добавлениями контроллеров и в один прекрасный момент прошил Mega168PA выбрав из списка просто Mega168P. После прошивки МК стал возвращать сигнатуру 0x000102, хотя до прошивки 100% была 0x1e940b. Заливал только флеш а когда захотел прошить фьюзы avrd...